インボイス制度の登録申請の提出期限・手順についてわかりやすく解説

インボイス制度が2023年10月1日から始まります。
インボイス制度が始まるにあたって、事業者がインボイス（適格請求書）を発行するために、税務署へ申請して登録を行う必要があります。すでに登録申請を済ませている方も多いと思いますが、登録申請をするかどうか検討中という方も少なくないのではないでしょうか。
本記事では、そもそもインボイス制度とは何なのか、インボイス制度に対応するためにどんな準備をすればいいのか、そしてインボイス制度の登録申請の期限や手順、申請後の注意点、制度開始後の経過措置について分かりやすく解説します。

そもそもインボイス制度とは

2023年10月1日から始まるインボイス制度とは、複数税率に対応した消費税の仕入税額控除の方式として、適用税率や消費税額などの要件を記載した請求書を発行・保存する制度です。

一定の記載事項を満たした請求書を「インボイス（適格請求書）」と言います。

売手である事業者がインボイスを交付するためには、税務署に対して登録申請をしておく必要があり、買手である事業者はインボイスの交付によって仕入税額控除を受けることができます。

インボイスの背景

インボイス制度導入の背景には、8％と10％の2つの消費税率があります。

2019年10月の消費税率引き上げに伴い、食料品などに対して軽減税率が導入されたため、2つの消費税率が混在して運用されています。

現行の請求書では税額を正確に把握するのが難しくなったのです。売手から買手に対して、正確な適用税率と消費税額を伝えるには、適用税率を区分して記載する必要が出てきました。

インボイスと現行の請求書との違い

インボイスと現行の請求書とはどこが違うのでしょうか？

インボイスは現行の請求書（区分記載請求書といいます）に一定の事項を追加して記載したものになります。

• 現行の請求書（区分記載請求書）の記載事項は次のとおりです
• 請求書の発行事業者の氏名または名称
• 取引年月日
• 取引の内容（軽減対象税率の対象品目である旨）
• 税率ごとに区分して合計した対価の額
• 書類の交付を受ける事業者の氏名または名称

インボイスはこれに次の３つの事項が加わります。

• 登録番号
• 適用税率
• 税率ごとに区分した消費税額等

インボイスを交付できる事業者

現行の請求書は誰でも交付することができますが、インボイスは誰もが交付できるものではありません。インボイスを交付できるのは、適格請求書発行事業者に登録をした課税事業者だけです。

適格請求書発行事業者の登録というのが、いわゆるインボス制度の登録です。

インボイス制度の登録には納税地を所轄する税務署長に対して登録申請を行う必要があります。

インボイス制度に登録した売手は、買手（課税事業者に限る）の求めに応じてインボイスを交付し、その写しを保存します。買手は交付されたインボイスを保存し、インボイスによって仕入税額控除を受けることができます。

インボイス制度に対応するためにはどんな準備をすれば良いか

インボイス制度に対応するにあたって売手（インボスを交付する側）、買手（インボイスを受け取る側）それぞれの立場において準備しておくことがあります。

ここではそれぞれ必要な準備について、また免税事業者の場合の対応について解説します。

売手における必要な準備

売手の準備としては、まずインボイス制度の登録申請を行わなくていけません。

（申請の手続きについては後述します）

その他には、社内の対応と取引先への連絡です。具体的には以下のような準備が必要です。

• インボイス対応の書類を準備する
• インボイスの交付方法を検討・決定する
• インボイス制度に合わせてシステムを改修・整備する
• 取引先に通知する
• 社内への周知を行う

インボイス対応の書類を準備する

まず、現行の自社で扱っている請求書等の中でインボイス対応となる書類を特定し、そのフォーマットを整備する必要があります。

インボイスの交付方法を検討・決定する

取引先にインボイスを交付する方法を確認しておく必要があります。

インボイスの交付方法としては、次の３つがあります。

1. 紙で郵送
2. メールで送信
3. クラウドで共有

２，３は電子インボイスを活用する方法で、業務効率化の観点において優れています。現在紙を使っている場合、インボイス制度を機にペーパーレス化を進めるのもおすすめです。

インボイス制度に合わせてシステムを改修・整備する

レジや請求書発行システム、販売管理システム、会計ソフトなどを必要に応じて改修・整備します。

場合によってはシステムの入れ替えが必要になることもあるでしょう。かかるコストについても検討が必要です。

取引先に通知する

取引先に対してインボイス発行事業者の登録番号とインボイスの交付方法を通知しましょう。

社内への周知を行う

インボイス制度に関する社員研修の実施など、社内への周知を行いましょう。

買手における必要な準備

買手の準備としては、社内の対応と取引先との話し合いになります。具体的には以下のような準備が必要です。

• 社内への周知を行う
• 取引先のインボイス制度への対応状況を確認する
• インボイス制度に合わせてシステムを改修・整備する
• 受け取ったインボイスの保存や管理方法を検討・決定する

社内への周知を行う

インボイス制度に関する社員研修の実施など、社内への周知を行いましょう。

従業員の経費精算にも、インボイス制度の影響があります。インボイスの要件や、インボイスが必要でないケースについて理解していないと混乱が生じる恐れがあります。

取引先のインボイス制度への対応状況を確認する

売手である取引先に対して、インボイス発行事業者の登録の有無、登録している場合は登録番号、交付されるインボイスの様式などを確認しましょう。

インボイス制度に合わせてシステムを改修・整備する

会計システムなどがインボイス制度に対応しているか確認し、必要であればシステムの改修・整備などを行います。

受け取ったインボイスの保存や管理方法を検討・決定する

インボイス制度が始まると請求書等をインボイスとインボイス以外の書類を分けて管理する必要があります。

免税事業者の場合はどうすればいい？

前述したように、インボイス制度に登録できるのは課税事業に限られます。

ですから、免税事業者がインボイス制度への登録をするためには、事前に納税地を所轄する税務署に「消費税課税事業者選択届出書」を提出し課税事業者になる必要があります。

ただし、経過措置として、インボイス制度が開始される2023年10月1日から2029年9月30日までの日が属する課税期間中にインボイス制度の登録を受けることとなった場合には、登録日から課税事業者となることができます。

課税事業者になると、消費税を納付する義務が発生するので、業種や取引先、事業規模によってはインボイス制度への登録をすることで売上が下がる場合もあり得ます。

課税事業者になるか、免税事業者のままでいるかの判断については、取引先との取引状況や今後の事業展開、後述の経過措置等を踏まえて検討する必要があります。

また、継続的に取引を行う取引先とは、対応について話し合いをすることも大切です。

インボイス制度には必ず登録申請しないといけないのか？

インボイス制度に対応するには「適格請求書発行事業者」への登録が必要となりますが、全ての事業者が必ず登録しなくてはいけないわけではありません。

では、どのような事業者の場合に登録する必要があるのでしょうか？

課税事業者と取引がある事業者は登録申請が必要になる

インボイス制度は、新しい仕入税額控除の方式です。インボイス制度が開始されると課税事業者は現行の区分記載請求書では控除を受けることができなくなります。

もし仕入税額控除を受けられなくなると、売上にかかる消費税から仕入にかかる消費税を控除することができないので、消費税を余計に納税することになり、売上が減少してしまいます。

売手がインボイスを交付できないと、買手である取引先が損をすることになるわけです。つまり、買手としてはインボイスを交付できる事業者と取引をしたほうが得ということになります。

そうなると、インボイスを交付できない事業者は今後の取引に支障をきたす可能性がでてきますから、インボイス制度の登録をしないと不利になります。

逆に言うと、取引先が一般消費者や免税事業者に限られる事業者は、仕入税額控除の影響がないため、インボイス制度に登録申請しなくても大きな問題はないと考えられます。

具体的な業種としては美容院、居住用住宅の賃貸オーナー、八百屋などの小売店が挙げられます。ただし、こうした業種でも企業相手に商品を卸している、あるいは今後そうした事業展開を予定している場合にはインボイス制度への登録を検討する必要が出てきます。

免税事業者は登録申請で負担が増える

インボイス制度に登録するには課税事業者になる必要があります。免税事業者にとっては、インボイス制度に登録することで消費税の納税という負担がかかることになります。また、制度に対応するためにシステムなどの変更が必要になったり、インボイス保存の事務負担も生じます。

免税事業者は、課税事業者となるデメリットとインボイス制度に登録しないことによるデメリットを秤にかけて登録するかどうかを検討する必要があります。

取引先の状況を確認し、継続して話し合いを行っていくことが重要です。

インボイス制度の登録申請の手順

次に、インボイス制度の登録申請について具体的に解説していきます。

インボイス制度の登録申請の方法は、書面かWebの2つがあります。

それぞれ解説していきます。

書面（郵送）で登録申請を行う手順

書面で申請する場合は、税務署に直接提出するか、インボイス登録センターへ郵送することになります。

手順は次のとおりです。

• 申請書を作成する
• 所轄の税務署に直接提出、もしくは所轄のインボイス登録センターへ郵送
• 審査
• 登録・公表
• 通知

詳しく解説していきます。

１．申請書を作成する

国税庁のサイトから「適格請求書発行事業者の登録申請書」をダウンロードします。

※こちらのページから申請書のダウンロードができます。

国税庁「適格請求書発行事業者の登録申請手続」

プリントアウトして必要事項を記入します。

申請書は２枚あり、必要事項として

１枚目には

• 住所（法人の場合は本店または主たる事務所の所在地）
• 納税地の住所
• 氏名又は名称
• 代表者氏名（法人の場合のみ）
• 法人番号
• 事業者区分（課税事業者か免税事業者どちらかをチェックします）

２枚目には

• 免税事業者の確認（免税事業者のみ記入、個人事業主はマイナンバーの記入なども必要）
• 登録要件の確認（課税事業者か、消費税法の違反歴がないかなどチェックします）

上記項目を漏れがないように記入、チェックします。

２．所轄の税務署に直接提出、もしくは所轄のインボイス登録センターへ郵送

申請書の作成が完了したら、所轄の税務署に直接提出、もしくは所轄のインボイス登録センターへ郵送します。

作成した書類の他に、本人確認書類として「マイナンバーカード」または「番号確認書類（通知カードなど）と身元確認書類（運転免許証など）」が必要です。税務署に持参する場合は提示するだけで問題ありません。郵送の場合は写しを同封します。

３．審査

書類の提出が完了したら、税務署またはインボイス登録センターで審査が行われます。

４．登録・公表

審査が無事に済んで登録手続きが完了すると「適格請求書発行事業者」として公表されます。と共に、公表された登録番号などが国税庁の登録簿に記録され、公表された日が登録年月日になります。

登録内容は国税庁の「インボイス制度適格請求書発行事業者公表サイト」に掲載されます。

自社がきちんと登録されているか確認しましょう。

５．通知

登録が完了した後、所轄の税務署から登録番号と登録手続き完了の通知が送付されます。法人の場合は「T＋法人番号」、個人事業主等の場合は「T＋13 桁の数字」が登録番号となります。

e-Taxで登録申請を行う手順

つづいてe-Taxを使って申請を行う場合です。手順は次のとおりです。

• 申請データの作成と送信
• 登録通知をメールで受け取る
• 登録通知データを確認する

詳しく解説していきます。

１．登録申請データを作成・送信する

まずは「e-Taxソフト(WEB版)」あるいは「e-Taxソフト(SP版)」にアクセスし、マイナンバーカードでログインをします。

ログイン後、利用者識別番号を取得し、登録申請データを作成・送信します。

登録申請データの作成は質問形式になっていて、適切なものを回答していけば良いのでスムーズに申請ができます。

なお、e-Taxの場合は書面の場合と違いマイナンバーカードが必須となっています。

２．登録通知をメールで受け取る

申請時に登録したメールアドレス宛に「登録通知データ」のメールが送られてきます。メールに記載されたURLからリンクにアクセスします。

アクセスするとe-Taxのトップ画面になるので、申請時と同じようにマイナンバーカードでログインして、内容を確認しましょう。

３．登録通知データを確認する

「送信結果・お知らせ」という表示があるので、そこから「通知書等一覧」「適格請求祖発行事業者通知書」を選択して、それぞれ内容を確認していきます。

登録通知書の内容は、書面で申請した場合と同じです。

e-TaxはWeb上で申請ができるため、書面での申請よりも手順が少なく簡単です。審査期間の目安も書面より早いため、特別書面でなければならない事情がないのであればe-Taxでの申請をおすすめします。

インボイス制度へ登録申請する際の注意点

インボイス制度の登録申請を行う際の注意点として主に次の4つが挙げられます。

• スケジュールに余裕をもって登録申請を行う
• 書面で申請する場合には申請用紙の記入ミスに注意する
• 取り下げることもできるが、期限に注意
• インボイス制度の登録の取り消す場合についても確認しておく

それぞれ解説していきます。

スケジュールに余裕をもって登録申請を行う

前述しましたが、インボイス制度の開始日から登録を受けるためには、2023年9月30日までに税務署に登録申請書を提出する必要があります。

登録申請の処理期間はe-Tax提出が約3週間、書面提出では約2か月が目安とされています。

もしインボイス制度の開始日に適格請求書発行事業者となれなかった場合には、適格請求書を発行できない期間が発生することになります。

通知を受けてから取引先への連絡を行う必要がありますから、間に合ったとしてもギリギリでは業務に支障が出る可能性があります。

インボイス制度に登録することをすでに決めているのであれば、スケジュールに余裕をもって登録申請を行うようにしましょう。

書面で申請する場合には申請用紙の記入ミスに注意する

申請書の記入ミスがあるなど書類に不備があると、審査で差し戻しになる恐れがあります。その場合には、差し戻しを受けてから改めて申請書を作成しなければなりません。そうなると目安の期間よりも長く時間がかかってしまいます。

2023年9月30日の間近に提出して差し戻しとなった場合には、制度開始の2023年10月1日に間に合わない可能性もあります。

住所の記載は正しいか、本人確認書類を忘れていないか、チェックボックスのチェック忘れはないかなどを確認し、提出の前にはダブルチェックを行うなど、万全を期して提出するようにしましょう。

取り下げることもできるが、期限に注意

取引先に言われて慌てて登録申請したが再度検討したいなど、いったん登録が完了したものの制度開始前に取り下げたいという場合もあると思います。そうした場合は「取り下げ書」を提出することで取り下げることができます。取り下げること自体に特にデメリットはありません。

取り下げ書の提出先は所轄のインボイス登録センターで、基本的には郵送になります。

ただし、取り下げができる期限には注意が必要で、2023年9月30日までの消印有効となっています。これを過ぎてしまうと、登録の効力は有効になります。これを取り消す場合には最短で翌課税期間からとなります。（取り消す場合については後述します。）

なお、「取り下げ書」については国税庁のサイトなどに所定の様式の掲載がありませんので、一定の事項を記載した書類を作成する必要があります。

記載事項は以下の７つです。

• 登録申請書の提出年月日
• 取り下げたい申請書名（「適格請求書発行事業者の登録申請書」と記入します）
• 提出したときの申請方法（「書面」か「e-Tax」のどちらかを記入します）
• 申請者の氏名または名称（法人は会社名・代表者名、個人事業主の場合は名前を記入します）
• 納税地（納税地の住所を記入します）
• 登録番号（登録通知書に記載されている番号を記入します）
• 取り下げたい旨（「適格請求書発行事業者の登録申請を取り下げたい」と記入します）

インボイス制度の登録の取り消す場合についても確認しておく

一度インボイス制度に登録したものの、なんらかの事情で登録を取り消したいという場合もあるでしょう。

インボイス制度の登録を取り消すには、「適格請求書発行事業者の取消しを求める旨の届出書」を提出する必要があります。

ここで注意したいのは、届出書を提出してもすぐに登録が取り消しになるわけではないという点です。原則としては取り消しが可能なのは翌課税期間からで、課税期間開始の日の前日から起算して30日前までに提出しなければなりません。それを過ぎてしまうと届出書の効力は翌々課税期間からとなってしまいます。

インボイス制度へ登録した後の注意点（インボイス発行事業者の義務）

インボイス制度に登録したら、社内外での様々な対応をしなくてはいけません。

自社が発行している請求書等がインボイスに必要な記載事項を満たしているか確認しましょう。必要に応じて書類のフォーマット変更や、システムの変更などを行い、インボイス制度の開始に備えます。

インボイス発行事業者には、原則として以下のような義務が生じます。社内における対応を検討する上で留意しておきましょう。

• インボイスを交付する義務
• 返還インボイスを交付する義務
• 修正したインボイスを交付する義務
• 交付したインボイスの写しを保存する義務

それぞれ解説していきます。

インボイスを交付する義務

インボイス発行事業者が行った取引で消費税が課される場合には、インボイス発行事業者は取引の相手方（課税事業者）の求めに応じて、インボイスを交付しなければいけません。

返還インボイスを交付する義務

インボイス発行事業者は、値引きや返品などがあった場合にはその明細書等（返還インボイス）を交付しなければいけません。

ただし、値引きや返品等の額が税込1万円未満の場合には、返還インボイスを交付する義務が免除されます。小売店の少額値引きや、売手が振込手数料分を負担するような場合が免除されるケースに当たります。

修正したインボイスを交付する義務

交付したインボイスの記載に誤りがあった場合には、修正したインボイスを交付しなければいけません。

交付したインボイスの写しを保存する義務

インボイス発行事業者は、交付したインボイスの写しを保存しなくていけません。

保存期間は当該インボイスを交付した日を含む課税期間の消費税の申告期限から7年間です。保存す保存する写しについては、交付したインボイスそのものの写しでなくてもよく、レジのジャーナルや明細表などといった記載事項が確認できるものであれば問題ありません。

インボイス制度開始後における仕入税額控除の経過措置

インボイス制度が開始される2023年10月1日以後は、インボイス発行事業者が発行した適格請求書以外の請求書では、仕入税額控除を受けることができなくなります。

免税事業者からの仕入れがある課税事業者は負担が大きくなりますし、免税事業者や登録を行っていない事業者（免税事業者等）は取引をしてもらえなくなるリスクが生じます。

制度の導入による急激な変化を軽減するため、免税事業者等との取引について、制度開始から6年間の仕入税額控除の経過措置が設けられています。

経過措置の適用を受けるための要件

まず、経過措置の適用を受けるためには、区分記載請求書と同じ内容が記載された請求書と、必要事項の記載された帳簿の保存が必要になります。

経過措置の第一段階

最初の3年間に当たる2023年10月1日から2026年9月30日までは、免税事業者等からの仕入れに関して80%までの控除が認められています。

経過措置の第二段階

次に、2026年10月1日から2029年9月30日の3年間では、免税事業者等からの仕入税額控除割合は、80％から50%に引き下げられます。

インボイス制度の完全適用

経過措置が終了した2029年10月1日以降は、免税事業者等からの仕入れについては、仕入税額控除が適用されなくなります。適格請求書がなければ控除が受けられなくなります。

インボイス制度開始後における税負担・事務負担を軽減するための支援措置

2023年3月に成立した「所得税法等の一部を改正する法律案」で、インボイス制度開始にともなう税負担や事務負担を軽減するための支援措置が講じられることが決まりました。

支援措置はつぎの2つです。

• 小規模事業者に対する納税額に係る負担軽減措置（2割特例）
• 一定規模以下の事業者に対する事務負担の軽減措置（少額特例）

それぞれ概要を解説していきます。

小規模事業者に対する納税額に係る負担軽減措置（2割特例）

インボイス制度への登録をして免税事業者から課税事業者になった事業者を対象として、消費税の納税額が売上税額の2割に軽減される措置です。

対象期間は3年間（2023年10月1日から2026年9月30日を含む課税期間）です。

2割特例の適用を受けるために事前に届出などは必要なく、確定申告書に２割特例を適用する旨を付記するだけで適用が受けられます。

インボイス制度開始前（2023年10月1日）からすでに課税事業者となっている場合には対象外になるので注意が必要です。

一定規模以下の事業者に対する事務負担の軽減措置（少額特例）

中小事業者・個人事業主など一定規模以下の事業者を対象として、税込1万円未満の課税仕入れについては、インボイスの保存がなくても帳簿の記載のみで仕入税額控除ができるという措置です。

対象期間は6年間（2023年10月1日から2029年9月30日）です。2029年10月1日以降の仕入れについては課税期間の途中であっても少額特例の適応にはなりません。

一定の規模以下の事業者の要件は次のいずれかにあてはまる事業者です。

• 基準期間（個人の場合は前々年、法人の場合は前々事業年度）の課税売上高が1億円以下
• 特定期間（個人の場合は前年の1月から6月まで、法人の場合は前事業年度の開始の日以後6ヶ月間）の課税売上高が5,000万円以下

インボイス制度の開始に間に合うよう申請準備を進めましょう

インボス制度の申請方法には、書面で提出する方法と、ｅ-Taxを利用してweb上で申請を行う方法の2つがあります。特に書面の場合は審査に時間がかかることや、書類の不備による差し戻しのリスクも考慮しなくてなりません。インボイス制度への登録をすでに決定している場合は、2023年10月1日の制度開始に向けて余裕を持って準備を進めていきましょう。

登録申請を検討中の場合は、単に自社に売上や事務負担だけでなく、取引先との関係が重要になります。経過措置なども検討の材料にいれつつ、メリット、デメリットをよく考慮して対応を決定してください。

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